• Mis publicaciones. En esta colección podemos compartir nuestro propio trabajo de investigación, incluidos elementos, notas y archivos adjuntos. Al incluir nuestras publicaciones se inicia el asistente "Mi publicación" que nos permitirá seleccionar qué notas, enlaces y archivos queremos compartir.
• Elementos duplicados. Esta colección muestra los elementos que Zotero ha identificado como posibles duplicados. Esta colección se puede utilizar para revisar y fusionar elementos duplicados.
• Elementos sin archivar. Contiene los elementos que tenemos únicamente en "Mi biblioteca".
• Papelera. Cuando se elimina un elemento presionando "Eliminar" (Ctrl+Supr) o haciendo clic con el botón derecho del ratón y seleccionando "Mover elemento(s) a la papelera", se mueve a la colección especial "Papelera". De manera predeterminada, los elementos permanecen en la papelera durante 30 días (se puede ajustar este periodo de tiempo en el Panel general de las preferencias de Zotero). Transcurrido este tiempo, los elementos se eliminan de forma permanente. Desde la Papelera se puede restaurar un elemento a mi biblioteca seleccionándolo y haciendo clic en "Restaurar en la biblioteca" y se puede eliminar de forma permanente un elemento haciendo clic en el botón de "Eliminar permanentemente".

Cómo crear una colección y una subcolección: El siguiente vídeo de Gonzalo Ares nos explica cómo hacerlo.

De forma predeterminada, los elementos añadidos a una subcolección no aparecen automáticamente en la colección principal que la contiene. Esta opción se puede cambiar seleccionando el menú Ver > Mostrar elementos de subcolecciones.