La interfaz de Zotero consta de unos menús en la parte superior, una barra de herramientas debajo de éstos menús, dividiéndose la pantalla en tres columnas.
MENÚS
BARRA DE HERRAMIENTAS
La barra de herramientas de la versión escritorio consta de una serie de iconos que permiten trabajar con el gestor:
COLUMNAS
Mi biblioteca, junto con las carpetas que creamos según nuestros proyectos, temas, etc.
Listado de referencias de Mi biblioteca (todas las referencias) o de las distintas carpetas.
Información y metadatos de una referencia específica seleccionada en la columna central. Permite modificar los datos de la referencia que está activa en la columna central y se pueden añadir "Notas" y "Etiquetas".